Iniziamo dapprima ad esporre i fondamenti filosofici del metodo di ricerca che viene tutt’ora utilizzato dalla Medicina Accademica, cioè il pensiero analitico cartesiano.

Cartesio creò il metodo del pensiero analitico, che consiste nel dividere in parti i fenomeni complessi per comprendere il tutto a partire dalle proprietà delle sue parti. Per Cartesio l'Universo materiale, compresi i sistemi viventi, era una macchina che poteva essere compresa completamente analizzandola nei suoi componenti più piccoli. Il meccanicismo cartesiano fu espresso nel dogma, , secondo cui le leggi della biologia possono essere ridotte, in definitiva, a quelle della fisica e della chimica nonostante gli insuccessi di applicare la meccanica newtoniana in biologia come nella digestione e nel metabolismo. La fisiologia meccanicistica trovò la sua espressione più compiuta nel trattato l'Uomo macchina di Julien de la Mettrie.

La prima forte opposizione avvenne col movimento romantico del 1700 e 1800. Goethe, ad esempio, concepiva la forma come uno schema di relazioni all'interno di un tutto organizzato(concezione alla base del pensiero sistemico contemporaneo).